Феудалната, технократско-централистичка држава, Османлиската империја, по балканските освојувања, почна да се дели на големи административни единици - беглербегства. Беглербезите биле директно именувани од султанот и како управници на тие големи територии биле и највисоки воени команданти во беглербеглакот или пашалакот. Румелискиот беглербеглак ги опфаќал териториите на турските провинции во Европа. Овој пашалак, како и другите, впрочем, се делел на помали управно-територијални единици наречени санџаци. Во Ќустендилскиот санџак влегле и нахиите Кратово, Штип, Кочани, Нагоричани, сите од кратовската каза, потоа Струмица, Тиквеш, Мелник и Дојранското Езеро од струмичката каза и Славиште и Горна Кресна од казата Ќустендил. Во Охридскиот санџак, покрај другите територии, влегол и поголем дел од Западна Македонија. Кон средината на 16 век бил создаден Скопскиот санџак, формиран исклучително од македонска територија, а нешто пред него формираниот Солунски санџак ги опфатил териториите на Јужна Македонија. Во ова време Лерин се споменува како посебен санџак. Во таканаречениот Паша-санџак влегувале нахиите Тетово, Кичево, Велес, Прилеп, Битола, Ениџе-Вардар, Воден, Бер, Серфиџе, Хрупиште, Костур, Биглиште, Драма, Серез, Зихна, Неврокоп, Демир Хисар и Сидерокапса.
Не треба посебно да се нагласува дека освојувањето на Македонија од страна на Турција на овој простор предизвикало, пред се, етнички промени. Тоа ја разбило компактноста на масите на македонското население. Еден негов дел бил одведен во ропство, друг избегал пред освојувањата. Многу населени места во Македонија опустеле. За да ја засили поддршката на новиот поредок, како и да го обнови и засили разореното производство во покорена Македонија, новата власт, не само што го стимулирала доброволното населување со турски елементи, туку поначесто тоа го правела систематски и со точно определен план. Така во Македонија почнувале да никнуваат првите турски населби, а потоа се повеќе и повеќе. Според записите, веќе во 1460 година во Велешката нахија имало пет турски села, а по 100 години - 15! Бројот на муслиманското население особено растел во градските центри. Во Скопје во 1455 година живееле 511 муслимански семејства и 339 христијански, а во 1519 година бројот на македонските семејства се намалил на 302, а на муслиманските пораснал на 717. Во Кичево во 1476 година имало 31 муслиманско семејство, а педесетина години подоцна таа бројка нараснала на 111, додека пак христијанските семејства од 186 се намалиле за 40. Слична е и состојбата во Битола: од 1460 до 1519 година бројот на муслиманските семејства нараснал од 295 на 756, а на христијанските од 185 само на 330.
Се покажа дека Македонија особено е погодна за населување на номадите од Мала Азија. Таканаречените "јуруци" се населија во солунско, неврокопско, струмичко, радовишко, кочанско и овчеполско. Кога се зборува за доселувањето во Македонија не треба да се пренебегне фактот дека по засновањето на инквизицијата во Шпанија и Португалија, во Македонија е забележано богато доселување на Евреите, особено кон крајот на 15 век. Во рамките на Турската империја тие нашле сигурно засолниште, што се одразило и на економскиот подем на оние градови каде што Евреите се населиле, пред се, на Солун, Битола, Скопје, Бер, Костур, Серез, Штип, Кратово и Струмица. Кон средината на 16. век во Солун, на пример, имало околу 3.000 еврејски куќи, заради што градот го добил името "град-мајка на Израел". Во Скопје, според некои други податоци, во 17 век еврејскиот кварт бил ограден со ѕидини, а во градот имало две синагоги и повеќе училишта.
Во таква ситуација, што ќе рече, во ситуација кога неговата етничка целост била сериозно загрозена од доселениците, различни од него и по вера и по јазик, македонскиот народ морал жестоко да се брани, за да опстане пред сериозната закана да биде асимилиран.
Во принцип, Турците биле толерантни, кога станувало збор за народносното и верското определување на потчинетите народи. Но тоа не значи дека одвреме-навреме не се случувале ексцеси, како резултат на верскиот фанатизам, при што поголеми групи од покорените балкански народи биле потурчувани и принудувани да преминат во исламот. А и економските и општествено-политичките моменти влијаеле на менувањето на верата. Еден добар дел од благородниците ја примиле новата вера - на тој начин сакале да ги запазат привилегиите што ги имале пред тоа. Верата ја менувале и сиромасите, кои така се ослободувале од големиот намет и од даноците што инаку ги плаќале христијаните. Патеписецот Рико, кон средината на 17 век, забележал повеќе начини со кои турските екстремисти се служеле за да ги принудат христијаните да ја сменат верата. Тој, меѓу другото, пишува: "Среброљупците ги задоволувале со пари, суетните и властољубивите со почести и со изгледи на високи достоинства, а плашливите и слабите со закани и сила". Германскиот патеписец Елсиер посочува примери на принудно исламизирање и вели дека Турците земале насила убави жени за своите сараи и дека христијанинот можел да се спаси од смртната казна само ако премине во исламот. Во еден ферман упатен до битолскиот кадија во јануари 1731 година, пишува: "Некои муслимани шетаат по улицата со тапани, ги напаѓаат христијаните, ги грабаат нивните деца и вршат притисок врз рајата за да ја прими исламската вера и таа не може слободно да оди в црква". Италијанскиот патописец Бенедето Рамберти наведува еден пример од 1534 година кога најстариот од седумте браќа го примил исламот само за да го спаси од давачки семејството. Имено, доколку еден член од семејството ја смени верата, тогаш целото семејство се ослободува од давачките. И од данокот во крв, исто така. Во јануари 1640 година со специјална наредба на спахијата од село Љубаниште, Охридско, му се забранило да бара од Хаџи Хасан од Битола чифт бозаи, затоа што тој преминал во исламот уште пред 30 години!
Различни биле отпорите против исламизацијата на македонското население. Од еден ферман од 18 јуни 1785 година, Хаџи Јанаки, на пример, поднел жалба до султанот, затоа што Бајазит ага му ја грабнал ќерка му, ја потурчил и ја зел за жена. На 23 септември 1763 година група поранешни осуденици во Солун дошле во неколку конзулати во градот и барале храна од дипломатските претставници за да не умрат од глад и за да не се потурчат, како некои нивни другари, кои, заради гладот, ја смениле христијанската вера со муслиманска.
Како резултат на отпорот против промените на верата, во Македонија израснаа ликови на повеќе маченици, како Јован Нови од Солунско, кој заради верата бил убиен летото 1514 година во Истамбул. На 1 октомври 1520 година бил погубен Јаков од Костур со своите двајца ученици, Јаков и Дионисиј. Причина: не сакале да ја сменат верата. Поради тоа што одбил да го прими исламот во Битола во 1750 година, јавно му била пресечена главата на младиот Ангел од Лерин. На 29 август 1794 година во Солун бил погубен Спас или Анастас од Радовиш, исто така заради одбивањето да го замени христијанското убедување со мухамеданско. Двајца маченици од Македонија, заради тоа што одбиле да се потурчат, се прогласени за светци: Ѓорѓи Кратовецот и Злата Мегленска. Горѓи бил роден во Кратово 1497 година. Учел во родното место, а потоа школувањето го продолжил во Софија, каде што покажал голема љубов кон книгата и верата. Турците тоа го забележале и по секоја цена се обидувале да го потурчат. Откако ги одбил еднаш и повеќепати потоа, бил ставен в затвор, а за време на будењето, обвинет дека не го признава Мухамеда за пророк, бил линчуван од група фанатизирани Турци, а потоа фрлен во распален оган. Имал само 18 години кога тоа се случило - на 10 февруари 1550 година. Поради саможртвата Ѓорѓи Кратовец бил прогласен за светец од Руската, Бугарската и Српската православна црква.
Злата Мегленска е родена во селото Слатина, Мегленско. Таа била погубена на 13 октомври (стар стил) во 1795 година, откако одбила, по грабнувањето, да се потурчи и да се омажи за еден од грабнувачите. Три месеци лежела в затвор и категорично одбивала да ја смени верата. Кога виделе дека таа решително го одбива потурчувањето, Турците ја обесиле со нозете нагоре и потоа ја исекле на парчиња. Некои луѓе парчињата од нејзиното тело ги зеле со себе како реликвија. Не се знае дали некоја црква ја прогласила за светица, меѓутоа, нејзиниот портрет го среќаваме во повеќе македонски цркви и манастири, насликана како маченица и светица.
Една од најраширените форми на отпорот против поробителот и ропството во Македонија е ајдутството. Тоа не е карактеристично само за македонскиот простор, туку за секаде и засекогаш каде што односите и политички и општествени се феудални. Александар Матковски, авторот на првата и исцрпна монографија за оваа општествена појава во Македонија, не смета дека ајдутството треба да се сведе само на криминал, како и да се предимензионира неговото значење до ниво на ослободително движење, туку го застапува мислењето оти ајдутството е рожба на феудалниот поредок и тоа е само продолжение на антифеудалното движење што се јавило и што постоело и пред доаѓањето на Турците, а продолжило и во нивно време.
Во Македонија првиот сочуван пишан документ во кој се зборува за ајдутството е записот од јануари 1502 година. Во него е забележано дека ајдутите нападнале еден трговски карван, составен, главно, од дубровчани. По овој напад, кога некои од напаѓачите биле фатени, штипскиот кадија наредил сите десетмина фатени ајдути да бидат набиени на кол
Ајдутството особено се засилува кога почнува да опаѓа моќта на Османлиите (средина на 16 век), кога почнал да се распаѓа турскиот тимарско-спахиски систем, кога почнува да слабее дисциплината кон централната власт. Кога се знае дека еден добар број ајдути се одметнувале заради насилството и беззаконието, кои се ширеле се повеќе и повеќе и дека лично од нив биле погодени со тоа што им бил убиен некој близок, или силувана или грабната жена или сестра, или, пак, ограбен имот, тогаш може да се извлече заклучок: ајдутството е и општествен протест против зулумот. "Лошата постапка на турската власт кон христијаните била основна причина што тие се собираат и грабаат по друмовите", соопштува еден дипломат. Во битолските сиџили од октомври 1658 година е запишано како битолскиот кадија им наредил на спахиите да не ја малтретираат рајата и под изговор дека има ајдути во селото да им земаат пари и друго, бидејќи тоа може да ги натера да се одметнат. Причина за да се одметне во ајдутин, на пример, славниот чичко Иљо Малешевски, е убиството на брат му. Многу години пред него, во мај 1574 година, жителите на некои села во Кичевско, кои одбиле да дадат луѓе за веслачи во морнарицата на Империјата, избегале во планина. Во 1669 година, на судењето ајдутинот Марко од село Боиште, Битолско, бил обвинет затоа што "не ги плаќал царските даноци и џизието и грубо го навредувал неговото величество падишахот". Некои села од Дебарско во февруари 1585 година кои одбиле да го платат арачот се одметнале в шума. Жителите од село Моловиште (во 1621/23 година), Битолско, се заканиле дека "ќе избегаат во планина" доколку не се намали претераната ангарија. Иста закана до валијата во Битола испратиле и селаните од село Канатларци, кои одбиле да го платат десетокот.
Користејќи ги пишаните документи, пред се, мухиме дифтерите и сиџилите, А.Матковски дошол до вонредни податоци за ајдутството во Македонија. Така, на пример, тој наведува дека ајдутинот Секула од Битола ајдутувал само пет месеци и тоа во пролетта 1730 година, додека тројца браќа од Тетовско, осудени на смрт на 8 август 1717 година, не ајдутувале повеќе од седум месеци. Ајдутинот Степанод с. Крушоради, Леринско, ајдутувал две години со чета од 48 ајдути. Ајдутинот Митре Киријас од с. Инсел, Берско, бил одметнат три години, а Кочо Сарајлија и Цеко Горленчанин, низ Мегленско и Костурско ајдутувале цели 10 години. Погоре споменатиот Марко од с. Боиште, според сиџилот во кој се зборува за неговото судење, бил ајдутин повеќе од 15 години, додека пак некој си Дуде од с.Загореич, Битолско, кого турските власти го суделе во 1644 година, зад себе веќе имал 20 години ајдутинување. Во некои документи за фатени ајдути стои дека "бунтот им бил секојдневна дејност".
Во шума се одметнувале и жени. Турските власти се подбивале со овој факт, несфаќајќи го длабокиот социјален, па и психолошки корен на оваа појава. Најстар податок за жени - ајдути во Македонија е оној од 1636 година за Кира од село Цапари, Битолско. Била во дружината на Петре Дундар. Била ајдутка заедно со брата си Јоле. Постои документ од ноември 1782 година во кој се вели дека меѓу ајдутите од село Ветрен, Демирхисарско, имало и две жени: Анѓа и Николина. Според некои податоци меѓу 1840 и 1850 во Осоговските Планини дејствувала ајдутската дружина на арамбашата Стојмен од село Панчарево, Кривопаланечко. Во оваа дружина била и неговата жена Стојна, која заради својата убавина била наречена "Кајмак Стојна". Таа често во раководењето со дружината го заменувала мажот с. Била ајдутин околу осум години. Била убиена во една борба со Турците кај селото Црвеник, Малешевско, а главата с била отсечена и покажувана на народот.
За легендарната "Сирма_војвода" нема податоци во историските извори. Самата Сирма (во 1856 година) како 80 годишна старица му раскажувала за себе на Димитар Миладинов, како и за тоа дека била ајдутски војвода. Била од село Тресонче и дејствувала по планините Стогово и Крчин.
Во повеќе документи стојат забележани имињата на попови и калуѓери, кои, или директно или индиректно, биле вклучени во ајдутското движење. Најстариот документ е од 1566 година и во него се вели дека е издадена наредба да се фати и да се спроведе во Истанбул калуѓерот Димитрие, зашто ги помагал ајдутите. Во 1605 година се споменува некој калуѓер-војвода, кој се одметнал со цела дружина в планина. Според еден документ во 1618 година калуѓерите од Лесново, Крива Река и Трново, Осоговско, се здружиле со ајдутите од тој крај и заедно напаѓале по патиштата. Во еден ферман од 1637 година, упатен до владиките од Делвино и Скопје, се нагласува оти во една ајдутска дружина се наоѓа и еден "поп-шејтан" и синот на еден свештеник, итн.
Присуството на свештени лица во ајдутските чети или блиското поврзување со нив, влече корени од социјалната состојба, во која се наоѓале духовните христијански лица, меѓутоа, нивната поддршка на ајдутските дружини била, поначесто, и поддршка на отпорот што се изразувал преку ајдутството кон османлиската власт и кон поробувачите, кои се обидувале на рајата да му ги наметнат не само својот јазик и своите обичаи, туку и својата вера.
Ајдутството во Македонија исфрлило повеќе познати арамбаши. Меѓу најстарите, според турските документи, бил Нико од Ново Село, Берско, убиен во мај 1627 година. Познат водач на ајдутска дружина бил и Михо Трпко, од село Лесково, Леринско, кој во 1634, година по осудувањето, бил испратен за веслач на галија. Во Битолско повеќе години бил активен арамбашата Петре Дундар од село Беранци. Тој и неговата дружина биле ликвидирани во јануари 1635 година. Во првата половина на 17 век мошне познат ајдутин бил Влавот Лошан од Магарево, Битолско, убиен во солунскиот затвор во 1644 година. Мошне активен водач на ајдутска дружина бил и Константин од село Сопотница, Битолско, популарно наречен Чавдар војвода.
Ајдутството не е типична појава само за Македонија и не е појава карактеристична само за Османлиската империја. Поединечни и групни вооружени отпори имало и пред Турците да го освојат Балканот. Византиските закони предвидувале строги казни против одметништвото и одметниците, а ништо поблаг не е ни Душановиот законик. Да се сведе појавата на ајдутите само на отпорот на христијаните кон туѓата вера на освојувачот и неговите обичаи, значи упростено да се толкуваат низа политички, општествени и социјални односи во една многунационална и повеќеконфесионална феудална заедница, во која експлоатацијата на сите слоеви на населението била усовршена до максимум. Оттука, во некои ајдутски дружини во Македонија покрај Македонци имало и Власи, и Албанци, и Турци, и припадници на други народи и етнички групи. На тој начин овој вид отпор на Македонците против турската власт станал продолжена форма на протест и против поробувањето и против се она што тоа го носи. И не само протест против турската власт и нејзините институции, туку и против оној слој домашни феудалци, кои во грабежот на домашното население се изедначиле со Турците. "Се што припаѓало на феудалниот господар, сето тоа потпаѓало под удар на нив и тие го грабеле, рушеле, кршеле, палеле и го растурале", ќе рече А. Матковски.
Повеќе од сигурно е дека ајдутството имало антифеудален карактер. Според еден документ во 1614 година, Мехмед Курд и Прифт, потурчени Македонци, се одметнале со својата дружина и по селата убивале само спахии. Во еден друг документ од 1630 година се вели: "Ајдутите упаѓаат кај богатите и добродетелните, кои живеат во тие краишта. Нив ги отепуваат, а имотот и храната им ги грабаат". Загрижените чувари на редот во еден документ од 16 јули 1709 година ќе запишат: "Дење и ноќе со оружје напаѓаат на становите на богатите луѓе". Седум-осум години потоа, пак, некои нивни колеги ќе се жалат: "Најчесто ги фаќаат богатите луѓе, ги мачат и ги убиваат". Ристо Поплазаров ќе забележи дека "самиот факт оти ајдутството постоело и не можело да биде ликвидирано од една комплетна државна власт, речиси, до крајот на османлиското владеење во Македонија, покажува дека тоа било животоспособно оружено војување, кое давало значајни резултати". Од одмаздник против поединечни припадници на владејачката структура, ајдутинот со тек на времето својата дејност ја насочувал и против целата турска управа, давајќи с јасни знаци на ослободителен отпор. Преку буните во Мариово, преку Карпошовото востание, па се до Иљо Малешевски, ајдутството созрева до степен на воена народна сила, чија основна цел е кршење и ликвидирање на целиот општествено-политички систем. Оттука, во Македонија, кога отпорот против поробувачот се претворил во осознаено национално-ослободително движење, не беше изненадување што ајдутството се претопи во него, а ајдутите станаа сериозен кадар токму во тоа движење. Некогашниот ајдутин, Христо Македонски, во своите "Записки", издадени во Софија во 1896 година, ќе забележи дека "до вчера ние сметавме дека нашата крајна цел е да станеме ајдути и да се светиме за приватни или локални навреди, злоупотреби и убиства. Сега разбравме и сфативме дека имало и друга "поширока дејност"." Па ќе додаде: "Сакав да станам бунтовник, да му помагам на народот да се ослободи од јаремот што го притискаше и мачеше". Учеството на ајдутите од Македонија во национал-ослободителното движење во Србија, Романија, Бугарија и Грција, зборува за надраснување на тесната поединечна пресметка со поединци, претставници на власта и нејзино претворање во широко движење со далеку пошироки и позначајни цели. Затоа и не е случајно што рускиот генерал И. Т. Липранди ги сметаше ајдутите за воена сила, околу која може да се собере народот, притоа, сериозно сметајќи, да речеме, на ајдутската активност на Иљо Малешевски, за кревање востание во Македонија и за нејзино ослободување.
И на крајот: Неизбежен е фактот оти отпорот на ајдутите против поробувачот најдиректно влијаеше на проширување и збогатување на свеста кај населението дека само со борба може да се дојде до толку саканата слобода. Ајдутството никогаш не се претвори во национално и ослободително движење, меѓутоа, тоа беше појава, што учествуваше во создавањето на претпоставките за појавата на токму такво движење, како во Македонија, така и во другите земји, каде што тоа се појави и каде што траеше.